HNRNPA2B1 - HNRNPA2B1

HNRNPA2B1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1X4B
Идентификаторы
Псевдонимы	HNRNPA2B1, HNRNPA2, HNRNPB1, HNRPA2, HNRPA2B1, HNRPB1, IBMPFD2, RNPA2, SNRPB1, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин A2 / B1
Внешние идентификаторы	OMIM: 600124 MGI: 104819 ГомолоГен: 22992 Генные карты: HNRNPA2B1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 7 (человек)[1] Группа 7п15.2 Начинать 26,173,057 бп[1] Конец 26,201,529 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 6 (мышь)[2] Группа 6 | 6 B3 Начинать 51,460,932 бп[2] Конец 51,469,894 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание N6-метиладенозин-содержащей РНК • пре-мРНК интронное связывание • связывание miRNA • связывание одноцепочечной теломерной ДНК • Связывание мРНК 3'-UTR • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • Связывание РНК • Связывание теломерной ДНК с богатой G цепью • идентичное связывание с белками • связывание мРНК Сотовый компонент • цитоплазма • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • мембрана • внеклеточная область • сплайсосомальный комплекс • ядро клетки • нуклеоплазма • хромосома, теломерная область • Тело Кахала • ядерная матрица • внеклеточная экзосома • рибонуклеопротеин Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • транспорт мРНК • транспорт миРНК • Транспорт РНК • обработка мРНК • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • отрицательная регуляция сплайсинга мРНК через сплайсосомы • первичный процессинг miRNA • Сплайсинг РНК • G-квадруплексное раскручивание ДНК • положительное регулирование поддержания теломер через удлинение теломер • положительная регуляция активности обратной транскриптазы теломеразной РНК • экспорт мРНК из ядра • Метаболический процесс РНК • сигнальный путь, опосредованный интерлейкином-12 • транспорт Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	3181	53379
Ансамбль	ENSG00000122566	ENSMUSG00000004980
UniProt	P22626	O88569
RefSeq (мРНК)	NM_002137 NM_031243	NM_016806 NM_182650
RefSeq (белок)	NP_002128 NP_112533	NP_058086 NP_872591 NP_001361674
Расположение (UCSC)	Chr 7: 26.17 - 26,2 Мб	Chr 6: 51.46 - 51.47 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гетерогенные ядерные рибонуклеопротеины A2 / B1 это белок что у людей кодируется HNRNPA2B1 ген.^[5]

Структура

HNRNPA2B1 Ген содержит 12 экзонов, включая 36-нуклеотидный мини-экзон, специфичный для белка B1. По всей длине интрон / экзонная организация HNRNPA2B1 идентичен тому из HNRNPA1 ген, который указывает на общее происхождение путем дупликации гена.^[6]

Функция

Этот ген принадлежит к подсемейству A / B повсеместно экспрессируемых гетерогенных ядерных рибонуклеопротеидов (hnRNP). HnRNPs являются белками, связывающими РНК, и они образуют комплекс с гетерогенной ядерной РНК (hnRNA). Эти белки связаны с пре-мРНК в ядре и, по-видимому, влияют на процессинг пре-мРНК и другие аспекты метаболизма и транспорта мРНК. В то время как все hnRNP присутствуют в ядре, некоторые, кажется, перемещаются между ядром и цитоплазмой. Белки hnRNP обладают отчетливыми свойствами связывания нуклеиновых кислот. Белок, кодируемый этим геном, имеет два повтора квази-RRM-доменов, которые связываются с РНК. Было описано, что этот ген генерирует два альтернативно сплайсированных варианта транскрипта, которые кодируют разные изоформы.^[7]HnRNPA2B1 является аутоантигеном при аутоиммунных заболеваниях, таких как ревматоидный артрит, системная красная волчанка и смешанное заболевание соединительной ткани. Когда упоминается как аутоантиген, hnRNPA2B1 также известен как RA33.

Белки HNRNPA2 и HNRNPB1 участвуют в упаковке растущей мРНК, в альтернативном сплайсинге и в переносе, трансляции и стабилизации цитоплазматической РНК. HNRNPA2 и HNRNPB1, по-видимому, также участвуют в поддержании теломер, пролиферации и дифференцировке клеток и транспорте глюкозы.^[8][9]

Функцию гена HNRNPA2B1 можно эффективно исследовать путем нокдауна siRNA на основе независимой проверки.^[10]

Взаимодействия

Было показано, что HNRPA2B1 взаимодействовать с казеинкиназа 2, альфа 1.^[11]

Роль в болезнях

Мутация p.D290V / 302V в hnRNPA2B1 участвует в деменции, миопатии, PDB и ALS.^[12] Мутации в hnRNPA2B1 и hnRNPA1 вызывают боковой амиотрофический склероз и мультисистемная протеинопатия.^[13] Было обнаружено, что hnRNPA2 / B1 активирует циклооксигеназу-2 и способствует росту опухоли при раке легких человека.^[14]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000122566 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000004980 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Биамонти Г., Руджиу М., Сакконе С., Делла Валле Г., Рива С. (август 1994 г.). «Два гомологичных гена, возникшие в результате дупликации, кодируют белки hnRNP человека A2 и A1». Нуклеиновые кислоты Res. 22 (11): 1996–2002. Дои:10.1093 / nar / 22.11.1996. ЧВК  308112. PMID  8029005.
6. «Ошибка 403».
7. «Ген Entrez: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин A2 / B1 HNRPA2B1».
8. «HNRNPA2B1 гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин A2 / B1 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI».
9. «Ошибка 403».
10. Мункачи, Дьёнджи; Штупински, Жофия; Герман, Петер; Бан, Бенце; Пензвальто, Жофия; Сарвас, Нора; Дьёрфи, Балаж (1 января 2016 г.). «Подтверждение эффективности подавления РНКи с использованием данных массива генов показывает 18,5% отказов в 429 независимых экспериментах». Молекулярная терапия - нуклеиновые кислоты. 5 (9): e366. Дои:10.1038 / mtna.2016.66. ISSN  2162-2531. ЧВК  5056990. PMID  27673562.
11. Панчетти Ф., Боссер Р., Крехан А., Пьерин В., Итарте Э, Бахс О. (июнь 1999 г.). «Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин А2 взаимодействует с протеинкиназой СК2». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 260 (1): 17–22. Дои:10.1006 / bbrc.1999.0849. PMID  10381337.
12. Kim HJ, Kim NC, Wang YD, Scarborough EA, Moore J, Diaz Z, MacLea KS, Freibaum B, Li S, Molliex A, Kanagaraj AP, Carter R, Boylan KB, Wojtas AM, Rademakers R, Pinkus JL, Greenberg SA , Trojanowski JQ, Traynor BJ, Smith BN, Topp S, Gkazi AS, Miller J, Shaw CE, Kottlors M, Kirschner J, Pestronk A, Li YR, Ford AF, Gitler AD, Benatar M, King OD, Kimonis VE, Ross ED, Weihl CC, Shorter J, Taylor JP (2013). «Мутации в прионоподобных доменах в hnRNPA2B1 и hnRNPA1 вызывают мультисистемную протеинопатию и БАС». Природа. 495 (7442): 467–73. Дои:10.1038 / природа11922. ЧВК  3756911. PMID  23455423.
13. Kim HJ, Kim NC, Wang YD, Scarborough EA, Moore J, Diaz Z и др. Мутации в прионоподобных доменах в hnRNPA2B1 и hnRNPA1 вызывают мультисистемную протеинопатию и БАС. Природа 2013; 495: 467–73. Доступна с: https://www.researchgate.net/publication/235770144_Mutations_in_prion-like_domains_in_hnRNPA2B1_and_hnRNPA1_cause_multisystem_proteinopathy_and_ALS [доступ 28 марта 2017 г.].
14. Сюань Ян, Ван Цзиншу, Пан Лиин, Лу Цзянь-Цзюнь, Йи Цаньхуи, Ли Чжэнлинь, Ю Вендан, Ли Мэй, Сюй Тинтин, Ян Вэньцзин, Тан Чжипэн, Тан Ранран, Сяо Сяншэн, Мэн Суншу, Чен Иминь, Лю Квентин, Хуан Вэньлинь, Го Вэй, Цуй Сяонань, Дэн Вугуо, (2016), hnRNPA2 / B1 активирует циклооксигеназу-2 и способствует росту опухоли при раке легких человека, Молекулярная онкология, 10, DOI: 10.1016 / j.molonc.2015.11.010. Доступна с: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1016/j.molonc.2015.11.010/abstract;jsessionid=F7FAA0EE2ECB0751450320F2792BFD9E.f03t01

дальнейшее чтение

• Доусон SJ, Белый LA (1992). «Лечение эндокардита Haemophilus aphrophilus ципрофлоксацином». J. Infect. 24 (3): 317–20. Дои:10.1016 / S0163-4453 (05) 80037-4. PMID  1602151.
• Бау Г., Расмуссен Х. Х., ван ден Булке М., ван Дамм Дж., Пуйпе М., Гессер Б., Селис Дж. Э., Вандекеркхов Дж. (1990). «Двумерный гель-электрофорез, электроблоттинг белков и микросеквенирование: прямая связь между белками и генами». Электрофорез. 11 (7): 528–36. Дои:10.1002 / elps.1150110703. PMID  1699755. S2CID  24768114.
• Wilk HE, Schaefer KP, Agris PF, Boak AM, Kovacs SA (1991). «Ассоциация U1 SnRNP с HnRNP включает начальное неспецифическое независимое от сайтов сплайсинга взаимодействие белка U1 SnRNP с HnRNA». Мол. Клетка. Биохим. 106 (1): 55–66. Дои:10.1007 / BF00231189. PMID  1833625. S2CID  22696966.
• Бурд К.Г., Суонсон М.С., Гёрлах М., Дрейфус Г. (1989). «Первичные структуры гетерогенных ядерных рибонуклеопротеидов А2, В1 и С2 белков: разнообразие белков, связывающих РНК, создается небольшими пептидными вставками». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 86 (24): 9788–92. Дои:10.1073 / пнас.86.24.9788. ЧВК  298587. PMID  2557628.
• Кумар А., Уильямс К. Р., Сзер В. (1986). «Очистка и доменная структура основных белков hnRNP A1 и A2 и их связь с одноцепочечными ДНК-связывающими белками». J. Biol. Chem. 261 (24): 11266–73. PMID  3733753.
• Фаура М, Ренау-Пикерас Дж, Бахс О, Боссер Р. (1995). «Дифференциальное распределение гетерогенных ядерных рибонуклеопротеидов в тканях крысы». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 217 (2): 554–60. Дои:10.1006 / bbrc.1995.2811. PMID  7503735.
• Козу Т., Генрих Б., Шефер К.П. (1995). «Структура и экспрессия гена (HNRPA2B1), кодирующего человеческий белок hnRNP A2 / B1». Геномика. 25 (2): 365–71. Дои:10.1016 / 0888-7543 (95) 80035-К. PMID  7789969.
• Ван Лаер Л., Ван Кэмп Дж., Грин Э.Д., Хейзинг Э. Х., Виллемс П. Дж. (1997). «Физическое картирование гена HOXA1 и гена hnRPA2B1 в контиге YAC из хромосомы 7p14-p15 человека». Гм. Genet. 99 (6): 831–3. Дои:10.1007 / s004390050457. PMID  9187682. S2CID  42177403.
• Нойбауэр Г., Кинг А., Раппсилбер Дж., Кальвио С., Уотсон М., Аджу П., Слиман Дж., Ламонд А., Манн М. (1998). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать мультибелковый сплайсосомный комплекс». Nat. Genet. 20 (1): 46–50. Дои:10.1038/1700. PMID  9731529. S2CID  585778.
• Montuenga LM, Zhou J, Avis I, Vos M, Martinez A, Cuttitta F, Treston AM, Sunday M, Mulshine JL (1998). «Экспрессия гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина A2 / B1 изменяется с критическими стадиями развития легких млекопитающих». Являюсь. J. Respir. Cell Mol. Биол. 19 (4): 554–62. Дои:10.1165 / ajrcmb.19.4.3185. HDL:10171/20162. PMID  9761751.
• Панчетти Ф., Боссер Р., Крехан А., Пьерин В., Итарте Е., Бахс О. (1999). «Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин А2 взаимодействует с протеинкиназой СК2». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 260 (1): 17–22. Дои:10.1006 / bbrc.1999.0849. PMID  10381337.
• Гамильтон Б.Дж., Николс Р.К., Цукамото Х., Боадо Р.Дж., Пардридж В.М., Ригби В.Ф. (1999). «hnRNP A2 и hnRNP L связывают 3'UTR мРНК переносчика глюкозы 1 и существуют в виде комплекса in vivo». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 261 (3): 646–51. Дои:10.1006 / bbrc.1999.1040. PMID  10441480.
• Николс Р.К., Ван XW, Тан Дж., Гамильтон Б.Дж., High FA, Herschman HR, Rigby WF (2000). «Домен RGG в hnRNP A2 влияет на субклеточную локализацию». Exp. Cell Res. 256 (2): 522–32. Дои:10.1006 / excr.2000.4827. PMID  10772824.
• Мацуи М., Хоригучи Х., Камма Х., Фудзивара М., Оцубо Р., Огата Т. (2000). «Специфическая для яичка и стадии развития экспрессия изоформ сплайсинга hnRNP A2 / B1, B0a / b». Биохим. Биофиз. Acta. 1493 (1–2): 33–40. Дои:10.1016 / s0167-4781 (00) 00154-8. PMID  10978504.
• Чжоу Дж., Оллред Д.К., Авис И., Мартинес А., Вос, доктор медицины, Смит Л., Трестон А.М., Малшайн Д.Л. (2001). «Дифференциальная экспрессия маркера ранней диагностики рака легких, гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина-A2 / B1 (hnRNP-A2 / B1) при нормальном раке молочной железы и опухолевом раке молочной железы». Рак молочной железы Res. Относиться. 66 (3): 217–24. Дои:10.1023 / А: 1010631915831. PMID  11510693. S2CID  27708432.
• Пиоли П.А., Ригби В.Ф. (2001). «Белок фон Хиппель-Линдау взаимодействует с гетероядерным рибонуклеопротеином а2 и регулирует его экспрессию». J. Biol. Chem. 276 (43): 40346–52. Дои:10.1074 / jbc.M105391200. PMID  11517223.
• Ким С.Х., Дирссен М., Ферререс Дж.С., Фунтулакис М., Любек Г. (2001). «Повышенные уровни белка гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина A2 / B1 в мозге плода с синдромом Дауна». Экспрессия белка в мозге с синдромом Дауна. J. Neural Transm. Suppl. С. 273–80. Дои:10.1007/978-3-7091-6262-0_22. ISBN  978-3-211-83704-7. PMID  11771750.
• Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х., Люнг А. К., Лам Ю. В., Стин Х, Манн М., Ламонд А. И. (2002). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Curr. Биол. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID  11790298. S2CID  14132033.
• Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р., Григорьев Н., Мур М.Дж. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Ли С., Чжан П., Фрейбаум Б.Д. и др. (2016). «Генетическое взаимодействие hnRNPA2B1 и DNAJB6 в модели мультисистемной протеинопатии на дрозофиле». Молекулярная генетика человека. 25 (5): 936–950. Дои:10.1093 / hmg / ddv627. ЧВК  4754048. PMID  26744327.
• Герман С., Фишер А., Пресуми Дж., Хоффманн М., Кендерс М. И., Эскриоу В., Аппараилли Ф., Штайнер Г. (2015). «Ингибирование воспаления и эрозии костей путем замалчивания гетерогенных ядерных RNP A2 / B1 с помощью РНК-интерференции в двух экспериментальных моделях ревматоидного артрита». Артрит и ревматология. 67 (9): 2536–2546. Дои:10.1002 / арт.39223. PMID  26017221.
• Кентаро И., Синдзи К., Шоко Ю., Акихито М., Нозоми О, Тацуки С., Сенко Т., Томоэ К., Йоичи Т., Кенго М., Такао Ю., Синго Д., Исаму С., Фумио С. (2015). «Ридаифен G, аналог тамоксифена, является сильнодействующим противоопухолевым препаратом, действующим через комбинаторную связь с множеством клеточных факторов». Биоорганическая и медицинская химия. 23 (18): 6118–6124. Дои:10.1016 / j.bmc.2015.08.001. PMID  26314924.
• Гейсслер Р., Симкин А., Флосс Д., Патель Р., Фогарти Е. А., Шеллер Дж., Гримсон А. (2016). «Широко распространенный путь распада мРНК, специфичный для последовательности, опосредованный hnRNPs A1 и A2 / B1». Гены и развитие. 30 (9): 1070–1085. Дои:10.1101 / gad.277392.116. ЧВК  4863738. PMID  27151978.
• Цюй XH, LIU JL, ZHONG XW, LI X, ZHANG QG (2015). «Понимание роли hnRNP A2 / B1 и AXL в немелкоклеточном раке легкого». Письма об онкологии. 10 (3): 1677–1685. Дои:10.3892 / ol.2015.3457. ЧВК  4533760. PMID  26622731.
• Аларкон Ч.Р., Гударзи Х., Ли Х., Лю Х., Тавазойе С., Тавазойе С.Ф. (2015). «HNRNPA2B1 является медиатором m6A-зависимых событий процессинга ядерной РНК». Клетка. 162 (6): 1299–1308. Дои:10.1016 / j.cell.2015.08.011. ЧВК  4673968. PMID  26321680.