HYPHY (программное обеспечение) - HYPHY (software)
| Разработчики) | Сергей Л. Косаковский Пруд, Арт Ф. Я. Пун, Стивен Уивер, Н. Лэнс Хеплер, Мартин Смит. |
|---|---|
| Стабильный выпуск | Июнь, 2012/7 августа 2018 |
| Доступно в | английский |
| Тип | Вычислительная филогенетика |
| Интернет сайт | www |
ГИФИЯ (/ˈчасаɪжаɪ/ HY-fy ) - бесплатная мультиплатформенная (Mac, Windows и UNIX) Вычислительная филогенетика программный пакет, предназначенный для выполнения анализа данных генетической последовательности с максимальной вероятностью и оснащенный инструментами для проверки различных статистических гипотез.[1] Название HYPHY является аббревиатурой от «HYpothesis testing using PHYlogenies».[2] По состоянию на март 2018 года около 2000 статей в рецензируемых научных журналах цитируют HYPHY.[3]
Основные особенности
HYPHY поддерживает анализ последовательностей нуклеотидов, белков и кодонов, используя заранее определенные стандартные модели или определяемые пользователем модели эволюции. Пакет поддерживает взаимодействие через графический пользовательский интерфейс, а также пакетный язык для настройки больших и сложных анализов и обработки результатов.[1]
HyPhy включает в себя универсальный набор методов для обнаружения адаптивной эволюции отдельных аминокислотных участков и / или клонов, включая обобщения Нильсена-Янга. PAML и подходы Судзуки-Годжобори и многие другие.
История
Разработка HyPhy началась в 1997 году, первый публичный выпуск состоялся в 2000 году, а самой последней версией по состоянию на апрель 2019 года была 2.3.14.[2]
Доступность программного обеспечения / кода и лицензия
HYPHY распространяется как бесплатное программное обеспечение с исходным кодом, выпущенным под Лицензия MIT. Скомпилированные двоичные файлы для Mac OS X и Windows доступны для загрузки. Исходный код доступен, чтобы пользователи могли компилировать приложение HyPhy в системах POSIX.
Подмножество методов HYPHY для обнаружения адаптивной эволюции также доступно командой HYPHY по адресу Темпл университет на DataMonkey кластер.[4]
Примечания
- ^ а б Pond SL, Frost SD, Muse SV (март 2005 г.). «HyPhy: проверка гипотез с использованием филогении». Биоинформатика. 21 (5): 676–9. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti079. PMID 15509596.
- ^ а б "Страница пакета HYPHY". Получено 2009-01-22.
- ^ "Поиск статей, цитирующих публикацию HYPHY в Google Scholar". Получено 2018-03-23.
- ^ Pond SL, Frost SD (май 2005 г.). «Datamonkey: быстрое обнаружение избирательного давления на отдельные участки выравнивания кодонов». Биоинформатика. 21 (10): 2531–3. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti320. PMID 15713735. Получено 2009-01-22.