VPS29 - VPS29 - Wikipedia

VPS29
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1W24, 2R17
Идентификаторы
Псевдонимы	VPS29, DC15, PEP11, DC7, VPS29 компонент ретромерного комплекса, компонент ретромерного комплекса
Внешние идентификаторы	OMIM: 606932 MGI: 1928344 ГомолоГен: 9433 Генные карты: VPS29
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 12 (человек)[1] Группа 12q24.11 Начинать 110,491,083 бп[1] Конец 110,502,111 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 5 (мышь)[2] Группа 5 | 5 F Начинать 122,354,369 бп[2] Конец 122,364,984 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • связывание ионов металлов • связывание ионов цинка Сотовый компонент • поздняя эндосома • ранняя эндосома • эндосомная мембрана • мембрана • внутриклеточная мембраносвязанная органелла • цитоплазма • цитозоль • Retromer • ретромер, грузовоселективный комплекс • эндосома Биологический процесс • транспорт белка • ретроградный транспорт от эндосомы к плазматической мембране • Сигнальный путь Wnt • регулирование аутофагии • внутриклеточный транспорт белка • ретроградный транспорт, эндосома к Гольджи • GO: 0022415 вирусный процесс • эндоцитарный рециклинг Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	51699	56433
Ансамбль	ENSG00000111237	ENSMUSG00000029462
UniProt	Q9UBQ0 Q05DG7	Q9QZ88
RefSeq (мРНК)	NM_001282150 NM_001282151 NM_016226 NM_057180	NM_019780 NM_001347453 NM_001359226
RefSeq (белок)	NP_001269079 NP_001269080 NP_057310 NP_476528	NP_001334382 NP_062754 NP_001346155
Расположение (UCSC)	Chr 12: 110,49 - 110,5 Мб	Chr 5: 122.35 - 122.36 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

VPS29 человек ген кодирование сортировки вакуолярного белка белок Vps29, компонент ретромер сложный.^[5]

Гомолог дрожжей

Гомологичный белок (тот, который выполняет ту же функцию) в дрожжах: Вакуолярный гомолог сортировки белков 29 (S. cerevisiae).^[6]

Функция

VPS29 принадлежит к группе генов, кодирующих белки вакуолярной сортировки белков (VPS), которые при функциональном нарушении нарушают эффективную доставку вакуолярный гидролазы.^[7] Белок, кодируемый этим геном, Vps29, является компонентом большого мультимерного комплекса, называемого ретромер комплекс, который участвует в ретроградном транспорте белков от эндосом к сеть транс-Гольджи. Vps29 может участвовать в формировании внутренней оболочки ретромерной оболочки ретроградных пузырьков, покидающих предвакуолярный компартмент.^[8] Альтернативный стык варианты, кодирующие разные изоформы, и использование нескольких полиаденилирование были найдены сайты для этого гена.^[6]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000111237 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000029462 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Эдгар AJ, Полак JM (ноябрь 2000 г.). «Человеческие гомологи дрожжевого вакуолярного белка сортировки 29 и 35». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 277 (3): 622–30. Дои:10.1006 / bbrc.2000.3727. PMID  11062004.
6. «Ген Entrez: гомолог 29 вакуолярного сортировочного белка VPS29 (S. cerevisiae)».
7. Haft CR, de la Luz Sierra M, Bafford R, Lesniak MA, Barr VA, Taylor SI (декабрь 2000 г.). «Ортологи дрожжевых белков, сортирующих вакуумный белок Vps26, 29 и 35: сборка в мультимерные комплексы». Мол. Биол. Клетка. 11 (12): 4105–16. Дои:10.1091 / mbc.11.12.4105. ЧВК  15060. PMID  11102511.
8. Бонифачино Дж. С., Херли Дж. Х. (август 2008 г.). «Ретромер». Curr. Мнение. Cell Biol. 20 (4): 427–36. Дои:10.1016 / j.ceb.2008.03.009. ЧВК  2833274. PMID  18472259.

дальнейшее чтение

• Матрос М.Н., Маккаффри Дж. М., Эмр С. Д. (1998). «Комплекс мембранной оболочки, необходимый для ретроградного транспорта от эндосомы к Гольджи в дрожжах». J. Cell Biol. 142 (3): 665–81. Дои:10.1083 / jcb.142.3.665. ЧВК  2148169. PMID  9700157.
• Эдгар AJ, Полак JM (2000). «Человеческие гомологи дрожжевого вакуолярного белка сортировки 29 и 35». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 277 (3): 622–30. Дои:10.1006 / bbrc.2000.3727. PMID  11062004.
• Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Genome Res. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК  310948. PMID  11076863.
• Haft CR, de la Luz Sierra M, Bafford R, et al. (2001). «Ортологи дрожжевых белков, сортирующих вакуумный белок Vps26, 29 и 35: сборка в мультимерные комплексы». Мол. Биол. Клетка. 11 (12): 4105–16. Дои:10.1091 / mbc.11.12.4105. ЧВК  15060. PMID  11102511.
• Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК  311072. PMID  11230166.
• Симпсон Дж. К., Велленройтер Р., Поустка А. и др. (2001). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». EMBO Rep. 1 (3): 287–92. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd058. ЧВК  1083732. PMID  11256614.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Верже М., Лутон Ф., Грубер С. и др. (2004). «Ретромер млекопитающих регулирует трансцитоз полимерного рецептора иммуноглобулина». Nat. Cell Biol. 6 (8): 763–9. Дои:10.1038 / ncb1153. PMID  15247922. S2CID  22296469.
• Mingot JM, Bohnsack MT, Jäkle U, Görlich D (2005). «Exportin 7 определяет новый общий путь ядерного экспорта». EMBO J. 23 (16): 3227–36. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600338. ЧВК  514512. PMID  15282546.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Виманн С., Арльт Д., Хубер В. и др. (2004). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Genome Res. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК  528930. PMID  15489336.
• Ван Д., Го М., Лян З. и др. (2005). «Кристаллическая структура человеческого белка 29, сортирующего вакуолярные белки, выявляет фосфодиэстеразу / нуклеазоподобную складку и два сайта белок-белкового взаимодействия». J. Biol. Chem. 280 (24): 22962–7. Дои:10.1074 / jbc.M500464200. PMID  15788412.
• Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И. и др. (2006). «База данных LIFEdb в 2006 году». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D415–8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК  1347501. PMID  16381901.
• Дамен Э., Кригер Э., Нильсен Дж. Э. и др. (2006). «Ретромерный компонент человеческого Vps29 представляет собой металлофосфоэстеразу для катион-независимого пептида субстрата маннозо-6-фосфатного рецептора». Biochem. J. 398 (3): 399–409. Дои:10.1042 / BJ20060033. ЧВК  1559457. PMID  16737443.
• Рохас Р., Каметака С., Хафт С. Р., Бонифачино Дж. С. (2007). «Взаимозаменяемые, но важные функции SNX1 и SNX2 в ассоциации ретромера с эндосомами и торговле маннозо-6-фосфатными рецепторами». Мол. Клетка. Биол. 27 (3): 1112–24. Дои:10.1128 / MCB.00156-06. ЧВК  1800681. PMID  17101778.
• Йерро А., Рохас А.Л., Рохас Р. и др. (2007). «Функциональная архитектура ретромерного комплекса распознавания грузов». Природа. 449 (7165): 1063–7. Дои:10.1038 / природа06216. ЧВК  2377034. PMID  17891154.