DDX20 - DDX20

DDX20
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2OXC, 3B7G
Идентификаторы
Псевдонимы	DDX20, DP103, GEMIN3, DEAD-box геликаза 20
Внешние идентификаторы	OMIM: 606168 MGI: 1858415 ГомолоГен: 5214 Генные карты: DDX20
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1п13.2 Начните 111,755,245 бп[1] Конец 111,768,000 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 | 3 F2.2 Начните 105,678,270 бп[2] Конец 105,687,574 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • связывание с белками, мостик • связывание нуклеотидов • GO: 0008026 геликазная активность • специфическое связывание белкового домена • связывание гистондеацетилазы • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • репрессия связывания фактора транскрипции • гидролазная активность • Связывание АТФ Сотовый компонент • Белковый комплекс SMN-Sm • цитозоль • мембрана • транскрипционный репрессорный комплекс • нуклеоплазма • SMN комплекс • Репрессорный комплекс транскрипции РНК-полимеразы II • цитоскелет • ядро клетки • Близнецы свернутых тел • цитоплазма • ядерное тело • ядрышко Биологический процесс • Обработка РНК • сплайсосомная сборка комплекса три-мяРНП • обработка мРНК • регуляция процесса биосинтеза стероидов • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • оогенез • сплайсосомальная сборка snRNP • Раскрутка вторичной структуры РНК • Сплайсинг РНК • положительная регуляция апоптотического процесса • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • отрицательное регулирование пролиферации клеток • ядерный импорт Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	11218	53975
Ансамбль	ENSG00000064703	ENSMUSG00000027905
UniProt	Q9UHI6	Q9JJY4
RefSeq (мРНК)	NM_007204	NM_017397
RefSeq (белок)	NP_009135	NP_059093
Расположение (UCSC)	Chr 1: 111.76 - 111.77 Мб	Chr 3: 105.68 - 105.69 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Вероятная АТФ-зависимая РНК-геликаза DDX20, также известен как DEAD-box геликаза 20 и белок, связанный с гемом 3 (БЛИЗНЕЦ3), является фермент что у людей кодируется DDX20 ген.^[5][6]

Функция

МЕРТВАЯ коробка белки, характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), предположительно РНК-геликазы. Они участвуют в ряде клеточных процессов, включающих изменение вторичной структуры РНК, таких как инициация трансляции, ядерный и митохондриальный сплайсинг и рибосома и сплайсосома сборка. Судя по структуре распространения, некоторые члены этой семьи участвуют в эмбриогенез, сперматогенез, а также рост и деление клеток. Этот ген кодирует белок DEAD-бокса, который имеет АТФаза деятельности и является составной частью выживаемость двигательного нейрона (SMN) комплекс.^[6] SMN является продуктом гена спинальной мышечной атрофии и может играть каталитическую роль в функции комплекса SMN на RNP.^[6]

Биологическое значение

Предыдущие исследования показали, что DDX20 может действовать как опухолевый супрессор в гепатоцеллюлярная карцинома и как опухоль промоутер в рак молочной железы. Дефицит DDX20 усиливается NF-κB активности за счет нарушения подавляющего NF-κB действия микроРНК и предполагают, что нарушение регуляции компонентов аппарата микроРНК также может быть вовлечено в патогенез различных заболеваний человека.^[7] Такая как miRNA-140, которая действует как супрессор опухолей печени, и из-за дефицита DDX20 функция miRNA-140 нарушается, это последующее функциональное нарушение miRNA может привести к гепатоканцерогенезу. Так же,^[8] DDX20 может способствовать развитию Рак простаты (PCa) через путь NF-κB.^[9] В клиническом исследовании было замечено, что положительная петля обратной связи DP103 / NF-κB способствует конститутивной активации NF-κB при инвазивном раке молочной железы, а активация этого пути связана с прогрессированием рака и приобретением химиотерапия сопротивление. Это делает DP103 потенциально терапевтической мишенью для лечения рака груди.^[10]

Взаимодействия

DDX20 был показан взаимодействовать с участием:

• EIF2C2,^[11][12]
• БЛИЗНЕЦ4,^[11][13][14]
• БЛИЗНЕЦ 5,^[11][15]
• LSM2,^[16]
• SMN1,^{[11][13][16][17]}
• SNRPB,^[16]
• SNRPD3^[16] и
• SNRPG,^[16]
• SNRPD1,^[16]
• SNRPD2,^[16]
• SNRPE,^[16]
• SNRPF,^[16] и
• SIP1.^[11][16]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000064703 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027905 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Grundhoff AT, Kremmer E, Türeci O, Glieden A, Gindorf C, Atz J, Mueller-Lantzsch N, Schubach WH, Grässer FA (июль 1999 г.). «Характеристика DP103, нового белка DEAD-бокса, который связывается с ядерными белками вируса Эпштейна-Барра EBNA2 и EBNA3C». J Biol Chem. 274 (27): 19136–44. Дои:10.1074 / jbc.274.27.19136. PMID  10383418.
6. «Ген Entrez: DDX20 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) бокс-полипептид 20».
7. Таката, Акеми; Оцука, Мотоюки; Ёсикава, Такеши; Кишикава, Такахиро; Кудо, Йотаро; Гото, Тадаши; Ёсида, Харухико; Койке, Кадзухико (13 апреля 2012). «Машинный компонент miRNA DDX20 контролирует NF-κB через функцию microRNA-140». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 420 (3): 564–569. Дои:10.1016 / j.bbrc.2012.03.034. ISSN  1090-2104. PMID  22445758.
8. Таката, Акеми; Оцука, Мотоюки; Ёсикава, Такеши; Кишикава, Такахиро; Хикиба, Йохко; Оби, Шунтаро; Гото, Тадаши; Кан, Ён Джун; Маэда, Шин (январь 2013 г.). «МикроРНК-140 действует как супрессор опухоли печени, контролируя активность NF-κB путем прямого воздействия на экспрессию ДНК-метилтрансферазы 1 (Dnmt1)». Гепатология. 57 (1): 162–170. Дои:10.1002 / hep.26011. ISSN  1527-3350. ЧВК  3521841. PMID  22898998.
9. Чен, Вэйго; Чжоу, Пэн; Ли, Сяовэй (июнь 2016 г.). «Высокая экспрессия DDX20 усиливает пролиферацию и метастатический потенциал клеток рака простаты через путь NF-κB». Международный журнал молекулярной медицины. 37 (6): 1551–1557. Дои:10.3892 / ijmm.2016.2575. ISSN  1791–244X. ЧВК  4866965. PMID  27121695.
10. Шин, Ын Мён; Хэй, Хуэй Синь; Ли, Мун Хи; Го, Джен Ни; Тан, Туан Зеа; Сен, Инь Пин; Лим, см. Ви; Юсеф, Эйнас М .; Онг, Хой Тин (сентябрь 2014 г.). «DEAD-box геликаза DP103 определяет метастатический потенциал рака груди человека». Журнал клинических исследований. 124 (9): 3807–3824. Дои:10.1172 / JCI73451. ISSN  1558-8238. ЧВК  4151228. PMID  25083991.
11. Mourelatos Z, Dostie J, Paushkin S, Sharma A, Charroux B, Abel L, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (март 2002 г.). «miRNPs: новый класс рибонуклеопротеидов, содержащий множество микроРНК». Genes Dev. 16 (6): 720–8. Дои:10.1101 / gad.974702. ЧВК  155365. PMID  11914277.
12. Nelson PT, Hatzigeorgiou AG, Mourelatos Z (март 2004 г.). «miRNP: ассоциация мРНК в полирибосомах в линии нейрональных клеток человека». РНК. 10 (3): 387–94. Дои:10.1261 / rna.5181104. ЧВК  1370934. PMID  14970384.
13. Карнеги Г.К., Слиман Дж. Э., Моррис Н., Хасти С. Дж., Пегги М. В., Филп А., Ламонд А. И., Коэн П. Т. (май 2003 г.). «Протеиновая фосфатаза 4 взаимодействует с комплексом выживания моторных нейронов и усиливает временную локализацию snRNP». J. Cell Sci. 116 (Pt 10): 1905–13. Дои:10.1242 / jcs.00409. PMID  12668731.
14. Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Йонг Дж., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (март 2000 г.). «Gemin4. Новый компонент комплекса SMN, который содержится как в драгоценных камнях, так и в ядрышках». J. Cell Biol. 148 (6): 1177–86. Дои:10.1083 / jcb.148.6.1177. ЧВК  2174312. PMID  10725331.
15. Губиц А.К., Мурелатос З., Абель Л., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Г. (февраль 2002 г.). «Gemin5, новый компонент белка с повтором WD в комплексе SMN, который связывает белки Sm». J. Biol. Chem. 277 (7): 5631–6. Дои:10.1074 / jbc.M109448200. PMID  11714716.
16. Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». J. Cell Biol. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
17. Meister G, Bühler D, Laggerbauer B, Zobawa M, Lottspeich F, Fischer U (август 2000 г.). «Характеристика ядерного 20S комплекса, содержащего белок выживания моторных нейронов (SMN) и специфическую подгруппу сплайсосомных белков Sm». Гм. Мол. Genet. 9 (13): 1977–86. Дои:10.1093 / hmg / 9.13.1977. PMID  10942426.

дальнейшее чтение

• Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Ю.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (1996). «Метод« двойного адаптера »для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Анальный. Биохим. 236 (1): 107–13. Дои:10.1006 / abio.1996.0138. PMID  8619474.
• Ю. В., Андерссон Б., Уорли К. К., Музни Д. М., Дин Й., Лю В., Рикафренте Ю. Ю., Вентланд М. А., Леннон Г., Гиббс Р. А. (1997). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК». Genome Res. 7 (4): 353–8. Дои:10.1101 / гр. 7.4.353. ЧВК  139146. PMID  9110174.
• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (2000). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». J. Cell Biol. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Йонг Дж., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (2000). «Gemin4. Новый компонент комплекса SMN, который содержится как в драгоценных камнях, так и в ядрышках». J. Cell Biol. 148 (6): 1177–86. Дои:10.1083 / jcb.148.6.1177. ЧВК  2174312. PMID  10725331.
• Meister G, Bühler D, Laggerbauer B, Zobawa M, Lottspeich F, Fischer U (2000). «Характеристика ядерного 20S комплекса, содержащего белок выживания моторных нейронов (SMN) и специфическую подгруппу сплайсосомных белков Sm». Гм. Мол. Genet. 9 (13): 1977–86. Дои:10.1093 / hmg / 9.13.1977. PMID  10942426.
• Пеллиццони Л., Шарру Б., Раппсильбер Дж., Манн М., Дрейфусс Г. (2001). «Функциональное взаимодействие между комплексом выживания мотонейрона и РНК-полимеразой II». J. Cell Biol. 152 (1): 75–85. Дои:10.1083 / jcb.152.1.75. ЧВК  2193649. PMID  11149922.
• Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (2001). «Метилосома, комплекс 20S, содержащий JBP1 и pICln, производит диметиларгинин-модифицированные белки Sm». Мол. Cell. Биол. 21 (24): 8289–300. Дои:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. ЧВК  99994. PMID  11713266.
• Губиц А.К., Мурелатос З., Абель Л., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Дж. (2002). «Gemin5, новый компонент белка с повтором WD в комплексе SMN, который связывает белки Sm». J. Biol. Chem. 277 (7): 5631–6. Дои:10.1074 / jbc.M109448200. PMID  11714716.
• Пеллиццони Л., Баккон Дж., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Дж. (2002). «Очистка естественного выживания комплексов мотонейронов и идентификация Gemin6 как нового компонента». J. Biol. Chem. 277 (9): 7540–5. Дои:10.1074 / jbc.M110141200. PMID  11748230.
• Mourelatos Z, Dostie J, Paushkin S, Sharma A, Charroux B, Abel L, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (2002). «miRNPs: новый класс рибонуклеопротеидов, содержащий множество микроРНК». Genes Dev. 16 (6): 720–8. Дои:10.1101 / gad.974702. ЧВК  155365. PMID  11914277.
• Клаппахер Г. В., Луньяк В. В., Сайкс Д. Б., Савка-Верхелль Д., Сейдж Дж., Брэрд Дж., Нго С. Д., Гангадхаран Д., Джекс Т., Кампс М. П., Роуз Д. В., Розенфельд М. Г., Гласс К. «Индуцированный репрессорный комплекс Ets регулирует остановку роста во время терминальной дифференцировки макрофагов». Ячейка. 109 (2): 169–80. Дои:10.1016 / S0092-8674 (02) 00714-6. PMID  12007404.
• Баккон Дж., Пеллиццони Л., Раппсилбер Дж., Манн М., Дрейфус Дж. (2002). «Идентификация и характеристика Gemin7, нового компонента выживания комплекса двигательных нейронов». J. Biol. Chem. 277 (35): 31957–62. Дои:10.1074 / jbc.M203478200. PMID  12065586.
• Нараянан У., Оспина Дж.К., Фрей М.Р., Хеберт М.Д., Матера АГ (2003). «SMN, белок спинальной мышечной атрофии, образует предимпортный комплекс snRNP со снурпортином1 и импортином бета». Гм. Мол. Genet. 11 (15): 1785–95. Дои:10.1093 / hmg / 11.15.1785. ЧВК  1630493. PMID  12095920.
• Карнеги Г.К., Слиман Дж. Э., Моррис Н., Хасти С. Джей, Пегги М. В., Филп А., Ламонд А. И., Коэн П. Т. (2004). «Протеиновая фосфатаза 4 взаимодействует с комплексом выживания моторных нейронов и усиливает временную локализацию snRNP». J. Cell Sci. 116 (Pt 10): 1905–13. Дои:10.1242 / jcs.00409. PMID  12668731.
• Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон С.М. (2004). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID  14667819.
• Nelson PT, Hatzigeorgiou AG, Mourelatos Z (2004). «miRNP: ассоциация мРНК в полирибосомах в линии нейрональных клеток человека». РНК. 10 (3): 387–94. Дои:10.1261 / rna.5181104. ЧВК  1370934. PMID  14970384.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д., Элиас Дж. Э., Виллен Дж., Ли Дж., Кон М. А., Кантли Л. К., Гиги С. П. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.