VPS35 - VPS35

VPS35
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2R17
Идентификаторы
Псевдонимы	VPS35, MEM3, PARK17, компонент ретромерного комплекса VPS35, компонент ретромерного комплекса
Внешние идентификаторы	OMIM: 601501 MGI: 1890467 ГомолоГен: 6221 Генные карты: VPS35
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 16 (человек)[1] Группа 16q11.2 Начните 46,656,132 бп[1] Конец 46,689,518 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 8 (мышь)[2] Группа 8 C3 | 8 41,61 см Начните 85,260,392 бп[2] Конец 85,299,802 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание с дофаминовым рецептором D1 Сотовый компонент • цитоплазма • эндосома • мембрана • трубчатая эндосома • Retromer • лизосомальная мембрана • ранняя эндосома • внеклеточная экзосома • митохондрия • лизосома • эндосомная мембрана • GO: 0097483, GO: 0097481 постсинаптическая плотность • ретромер, грузовоселективный комплекс • митохондриальный везикула • проекция нейрона • тело нейрональной клетки • перинуклеарная область цитоплазмы • поздняя эндосома • цитозоль • клеточная мембрана • пресинапс • постсинапс • глутаматергический синапс Биологический процесс • регулирование стабильности белка • положительная регуляция канонического сигнального пути Wnt • положительная регуляция секреции белка Wnt • трансцитоз • отрицательная регуляция транспорта поздних эндосом в лизосомы • ретроградный транспорт, эндосома к Гольджи • транспорт белка • ретроградный транспорт, от эндосомы к плазматической мембране • регуляция макроаутофагии • Сигнальный путь Wnt • регуляция митохондриальной организации • фрагментация митохондрий, вовлеченная в процесс апоптоза • положительная регуляция сигнального пути дофаминового рецептора • положительная регуляция деления митохондрий • транспорт митохондрий в лизосомы • Транспорт рецепторов нейромедиаторов, от эндосомы к плазматической мембране • регулирование поддержания дендритного отдела позвоночника • регламент организации кнопки терминала • лизосомная организация • положительная регуляция экспрессии генов • отрицательная регуляция экспрессии генов • дестабилизация белков • отрицательная регуляция гомоолигомеризации белков • локализация белка в органелле • добровольное движение опорно-двигательного аппарата • положительная регуляция движения, связанная с локомоторным поведением • положительная регуляция процесса биосинтеза дофамина • отрицательная регуляция локализации клеточного белка • отрицательная регуляция катаболического процесса лизосомальных белков • транспорт • регуляция клеточного белкового обмена • отрицательная регуляция воспалительного ответа • отрицательная регуляция гибели клеток • отрицательная регуляция гибели нейронов • регулирование сборки пресинапса • внутриклеточный транспорт белка • сборка синапсов • GO: 0022415 вирусный процесс • Транспорт рецептора нейромедиатора, эндосома к постсинаптической мембране • везикулярный транспорт в синапсе • положительная регуляция катаболического процесса клеточного белка • локализация белка в эндосоме Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	55737	65114
Ансамбль	ENSG00000069329	ENSMUSG00000031696
UniProt	Q96QK1	Q9EQH3
RefSeq (мРНК)	NM_018206	NM_022997
RefSeq (белок)	NP_060676	NP_075373
Расположение (UCSC)	Chr 16: 46.66 - 46.69 Мб	Chr 8: 85.26 - 85.3 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок, связанный с вакуумной сортировкой белков 35 это белок что у людей кодируется VPS35 ген.^[5][6]

Этот ген принадлежит к группе вакуолярный гены сортировки белков (VPS). Кодируемый белок является компонентом большого мультимерного комплекса, называемого ретромер комплекс, участвующий в ретроградном транспорте белков из эндосомы к сеть транс-Гольджи. Близкое структурное сходство между дрожжевыми и человеческими белками, составляющими этот комплекс, предполагает сходство функций. Исследования экспрессии в клетках дрожжей и млекопитающих показывают, что этот белок взаимодействует напрямую с VPS35, который служит ядром ретромерного комплекса.^[6]

Структура

Vps35 - самая крупная подгруппа ретромер с молекулярной массой 92 кДа и функционирует как центральная платформа для сборки Vps26 и Vps29.^[7] Vps35 похож на многие другие спиральные соленоидные белки включая комплексы адаптерных белков AP, которые характеризуются повторяющимися структурными единицами в непрерывном расположении суперспиралей, участвующих в перемещении покрытых везикул. Изогнутая поверхность 6-ти четных спирали в структуре соленоида с серией гребней, разделяющих гидрофобный канавки служат потенциальными местами крепления груза.^[8] C-конец Vps35 содержит α-соленоидную складку, которая входит в карман для связывания металла Vps29.^[9]

Консервированный мотив PRLYL на N-конец Vps35 участвует в связывании Vps26.^[10][11] Структурные связывающие мотивы позволяют этой субъединице действовать как линкер между SNX димеры и тримерный комплекс Vps, а сайты связывания, нацеленные на N-концевую область субъединиц SNX, расположены на обоих концах тримера. Исследование показало, что нокдаун Vps35 у человека HEp-2 эпителиальные клетки имели дефект на эндосомный переработка трансферрин от DMT1 из-за неправильной сортировки DMT1-II по белку, связанному с лизосомальной мембраной (ЛАМПА2 ) конструкции.^[12]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000069329 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031696 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Чжан П, Ю Л, Гао Дж, Фу Кью, Дай Ф, Чжао Й, Чжэн Л., Чжао С. (январь 2001 г.). «Клонирование и характеристика человеческого VPS35 и мышиного Vps35 и картирование VPS35 на хромосоме человека 16q13-q21». Геномика. 70 (2): 253–7. Дои:10.1006 / geno.2000.6380. PMID  11112353.
6. «Ген Entrez: VPS35 вакуолярный белок сортирующий 35 гомолог (S. cerevisiae)».
7. Йерро А., Рохас А.Л., Рохас Р., Мурти Н., Эффантин Дж., Каджава А.В., Стивен А.С., Бонифачино Дж.С., Херли Дж. Х. (октябрь 2007 г.). «Функциональная архитектура ретромерного комплекса распознавания грузов». Природа. 449 (7165): 1063–7. Дои:10.1038 / природа06216. ЧВК  2377034. PMID  17891154.
8. Nothwehr SF, Bruinsma P, Strawn LA (апрель 1999 г.). «Отдельные домены в Vps35p опосредуют извлечение двух разных грузовых белков из предвакуолярного / эндосомального компартмента дрожжей». Мол. Биол. Ячейка. 10 (4): 875–90. Дои:10.1091 / mbc.10.4.875. ЧВК  25208. PMID  10198044.
9. Коллинз Б.М., Скиннер С.Ф., Уотсон П.Дж., Моряк М.Н., Оуэн Д.Д. (июль 2005 г.). «Vps29 имеет фосфоэстеразную складку, которая действует как каркас взаимодействия белков для сборки ретромера». Nat. Struct. Мол. Биол. 12 (7): 594–602. Дои:10.1038 / nsmb954. PMID  15965486. S2CID  30658528.
10. Reddy JV, Seaman MN (октябрь 2001 г.). «Vps26p, компонент ретромера, управляет взаимодействиями Vps35p при извлечении от эндосомы к Гольджи». Мол. Биол. Ячейка. 12 (10): 3242–56. Дои:10.1091 / mbc.12.10.3242. ЧВК  60170. PMID  11598206.
11. Чжао X, Nothwehr S, Lara-Lemus R, Zhang BY, Peter H, Arvan P (декабрь 2007 г.). «Доминантно-негативное поведение Vps35 млекопитающих в дрожжах требует консервативного мотива PRLYL, участвующего в сборке ретромера». Движение. 8 (12): 1829–40. Дои:10.1111 / j.1600-0854.2007.00658.x. ЧВК  2532708. PMID  17916227.
12. Табучи М., Янатори И., Кавай Ю., Киши Ф. (март 2010 г.). «Прямая сортировка, опосредованная ретромерами, необходима для надлежащей рециркуляции в эндосоме транспортера железа DMT1 млекопитающих». J. Cell Sci. 123 (Pt 5): 756–66. Дои:10.1242 / jcs.060574. PMID  20164305.

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Ю.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (1996). «Метод« двойного адаптера »для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Анальный. Биохим. 236 (1): 107–13. Дои:10.1006 / abio.1996.0138. PMID  8619474.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Ю. В., Андерссон Б., Уорли К. К., Музни Д. М., Дин Й., Лю В., Рикафренте Ю. Ю., Вентланд М. А., Леннон Г., Гиббс Р. А. (1997). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК». Genome Res. 7 (4): 353–8. Дои:10.1101 / гр. 7.4.353. ЧВК  139146. PMID  9110174.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Эдгар AJ, Полак JM (2000). «Человеческие гомологи дрожжевого вакуолярного белка сортировки 29 и 35». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 277 (3): 622–30. Дои:10.1006 / bbrc.2000.3727. PMID  11062004.
• Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Genome Res. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК  310948. PMID  11076863.
• Хафт CR, де ла Луз Сьерра М., Баффорд Р., Лесняк М.А., Барр В.А., Тейлор С.И. (2001). "Ортологи дрожжевых белков, сортирующих вакуумный белок Vps26, 29 и 35: сборка в мультимерные комплексы". Мол. Биол. Ячейка. 11 (12): 4105–16. Дои:10.1091 / mbc.11.12.4105. ЧВК  15060. PMID  11102511.
• Vergés M, Luton F, Gruber C, Tiemann F, Reinders LG, Huang L, Burlingame AL, Haft CR, Mostov KE (2004). «Ретромер млекопитающих регулирует трансцитоз полимерного рецептора иммуноглобулина». Nat. Cell Biol. 6 (8): 763–9. Дои:10.1038 / ncb1153. PMID  15247922. S2CID  22296469.
• Mingot JM, Bohnsack MT, Jäkle U, Görlich D (2005). «Exportin 7 определяет новый общий путь ядерного экспорта». EMBO J. 23 (16): 3227–36. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600338. ЧВК  514512. PMID  15282546.