Малая ядрышковая РНК U3 - Small nucleolar RNA U3

U3
Metazoan U3 secondary structure.png
Вторичная структура РНК U3 метазоа и сохранение последовательности
Идентификаторы
СимволU3
Альт. СимволыРНУ3П2,
РфамRF00012
NCBI Gene26844
HGNC10176
OMIM180710
Прочие данные
РНК типsnoRNA
Домен (ы)Эукариоты;
PDB структурыPDBe

U3 мяРНК это некодирующая РНК находится преимущественно в ядрышко.U3 имеет Мотивы коробки C / D которые технически делают его членом коробочного класса C / D snoRNAs; однако, в отличие от других мяноРНК C / D-бокса, не было показано, что он направляет 2'-О-метилирование других РНК, скорее считается, что U3 управляет сайт-специфическим расщеплением рибосомная РНК (рРНК) во время обработки пре-рРНК.[1]

Элемент C / D бокса представляет собой подмножество шести элементов короткой последовательности, обнаруженных во всех snoRNA U3, а именно боксов A, A ', B, C, C' и D.[2] МнорНК U3 вторичная структура характеризуется небольшой 5' домен (с полями A и A ') и больший 3' домен (с блоками B, C, C 'и D), причем два домена связаны однонитевым шарниром. Боксы B и C образуют мотив B / C, который, по-видимому, является эксклюзивным для snoRNA U3, а боксы C 'и D образуют мотив C' / D. Последний функционально подобен мотивам C / D, обнаруженным в других мяРНК. 5'-домен и шарнирная область действуют как пре-рРНК-связывающий домен. 3'-домен имеет консервативные сайты связывания с белками. Мотивы как бокса B / C, так и бокса C '/ D достаточны для удержания в ядре мяРНК U3. Мотив C '/ D бокс также необходим для локализации ядрышка, стабильности и гиперметилирования U3 snoRNA.[3] Мотивы бокса B / C и C '/ D вовлечены в специфические белок взаимодействия и необходимы для рРНК процессинговые функции мяРНК U3.

Видовые модели вторичной структуры

С. cerevisiae вторичная структура, определенная химическим картированием РНК U3A в очищенном snoRNP, доступна.[4] А человек Также была предложена структурная модель.[5] Подобно дрожжам и человеку, простейший протист Entamoeba histolytica: примитивный эукариот принял такую ​​же консервативную вторичную структуру мяРНК U3.[6] Четыре структуры консенсуса, характерные для метазоа, грибы, растения и базальные эукариоты.[7]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Cléry, A .; Senty-Ségault, V .; Leclerc, F .; Raué, A .; Бранлант, К. (февраль 2007 г.). «Анализ последовательности и структурных особенностей, которые идентифицируют мотив B / C малой ядрышковой РНК U3 в качестве сайта узнавания для пары белков Snu13p-Rrp9p». Молекулярная и клеточная биология. 27 (4): 1191–1206. Дои:10.1128 / MCB.01287-06. ISSN  0270-7306. ЧВК  1800722. PMID  17145781.
  2. ^ Цвиб, С. (1997). «База данных уРНК». Нуклеиновые кислоты Res. 25 (1): 102–103. Дои:10.1093 / nar / 25.1.102. ЧВК  146409. PMID  9016512.
  3. ^ Спекманн, Вт; Нараянан А; Terns R; Крачка М.П. (1999). «Ядерные удерживающие элементы малой ядрышковой РНК U3». Mol Cell Biol. 19 (12): 8412–8421. Дои:10.1128 / MCB.19.12.8412. ЧВК  84939. PMID  10567566.
  4. ^ Меро А., Фурнье Р., Грегуар А. и др. (Октябрь 1997 г.). «Анализ структуры-функции in vivo и in vitro snoRNP U3A Saccharomyces cerevisiae: контакты белок-РНК и взаимодействие пар оснований с прерибосомной РНК». J. Mol. Биол. 273 (3): 552–71. Дои:10.1006 / jmbi.1997.1320. PMID  9356246.
  5. ^ Граннеман С., Фогельзангс Дж., Люрманн Р., ван Венроой В.Дж., Пруейн Г.Дж., Уоткинс Нью-Джерси (октябрь 2004 г.). «Роль спаривания оснований пре-рРНК и образование комплекса 80S в субнуклеолярной локализации snoRNP U3». Мол. Клетка. Биол. 24 (19): 8600–10. Дои:10.1128 / MCB.24.19.8600-8610.2004. ЧВК  516741. PMID  15367679.
  6. ^ Шривастава А., Ахамад Дж., Рэй А.К., Каур Д., Бхаттачарья А., Бхаттачарья С. (2014). Анализ U3 snoRNA и компонентов процессома малой субъединицы у паразитического протиста Entamoeba histolytica. Мол Биохим Паразитол. 193 (2): 82-92. DOI: 10.1016 / j.molbiopara.2014.03.001. Epub 2014 12 марта
  7. ^ Марз М, Штадлер П.Ф. (2009). «Сравнительный анализ snoRNA U3 эукариот». РНК Биол. 6 (5): 503–7. CiteSeerX  10.1.1.380.4189. Дои:10.4161 / rna.6.5.9607. PMID  19875933.

внешняя ссылка